Eines der Projekte des YMCA ist die „Posttraumatische Rehabilitation von palästinensischen Kindern nach Gefängnisaufenthalten“. Das Projekt wurde 2009 von der „European Commission for Humanitarian Aid and Civil Protection“ (ECHO) gegründet und wird hauptsächlich von „UNICEF“ unterstützt. Gemeinsam mit „Save the Children“ arbeitet der YMCA mittlerweile in 11 Bezirken in der Westbank. Rund 250 Psychologen, Therapeuten und Sozialarbeiter betreuen etwa 3000 Kinder und Jugendliche. Das Projekt beinhaltet sowohl Einzel- als auch Gruppentherapien. Der Schwerpunkt der Einzeltherapie ist die psychologische Unterstützung der Betroffenen durch Beratung und Trauma-Therapie. Die Arbeit in der Gruppe umfasst Gesprächsrunden, Spiel-, Musik- und Kunsttherapie. Um einen Ausgleich zu schaffen gibt es regelmäßig verschiedene Workshops und Projekte, gemeinsame Ausflüge und Unternehmungen. Außerdem bietet das Rehabilitation-Center Sportaktivitäten wie Tanzen, Basketball oder Schwimmen an, um den Kindern und Jugendlichen ein Ventil für ihren Stress und ihre Ängste zu ermöglichen.
Ein weiterer sehr wichtiger Bestandteil der Arbeit ist Aufklärung. Aufklärung der Betroffenen, Aufklärung in den Familien und Schulen und natürlich Aufklärung der gesamten Gesellschaft. Der YMCA arbeitet nicht nur mit den Betroffenen selbst, sondern auch mit ihren Eltern und Geschwistern zusammen. Da die Gefängnisaufenthalte meist mit extremen Persönlichkeitsveränderungen einhergehen kommt es anschließend häufig zu großen Problemen in den Familien. Viele Eltern wissen nicht wie sie mit ihren Kindern umgehen sollen. Einige neigen zur Überfürsorglichkeit und wollen ihre Kinder vor allem beschützen, andere verstoßen sie, weil sie Angst haben, dass diese den Rest der Familie gefährden könnten oder zu Kollaborateuren ausgebildet wurden. Der YMCA versucht die Eltern aufzuklären, zu beraten und ihnen Möglichkeiten und Mittel für den Umgang mit ihren Kindern an die Hand zu geben.
Außerdem arbeiten die Mitarbeiter des YMCA mit den Lehrern und Schulen der Betroffenen zusammen. Viele Schulen haben Angst, dass die „Gefängniskinder“ eine zusätzliche Belastung sind. Oft sind sie unkonzentrierter, der Umgang mit ihnen ist schwieriger und sie haben schlechtere Noten. Viele Schulen verweigern den ehemaligen Gefangenen die Rückkehr in ihre alten Klassen weil sie Angst haben, dass sie andere Kinder mit auf die schiefe Bahn ziehen könnten. Außerdem unterstellen sie den Kindern, dass sie wirklich Verbrechen begangen haben und nun auch andere dazu anstiften könnten. Die Mitarbeiter des YMCA setzen sich für die Wiedereingliederung der Kinder in ihre ehemaligen Klassen/Schulen ein. Die Reintegration der „Gefängniskinder“ in die Gesellschaft ist einer der wichtigsten Bestandteile der Therapie. Stabilität und Sicherheit in ihrem ehemaligen Umfeld und die „Rückendeckung“ durch Eltern und Lehrer sind die wichtigsten Faktoren um den Kindern und Jugendlichen den Weg zurück zur Normalität zu ebnen. Es gibt trotzdem immer wieder Jugendliche für die es nicht möglich ist in ihre alten Klassen/Schulen zurückzukehren. Dies liegt nicht zwangsläufig immer an den Schulen, manchmal sind es die Betroffenen selbst, die aus verschiedensten Gründen nicht mehr zur Schule gehen.
Für diesen Fall bietet der YMCA verschiedene Möglichkeiten einen anderen Weg einzuschlagen um nicht automatisch, aufgrund von Unbildung und Armut, an den Rand der Gesellschaft gedrängt zu werden. Von einer professionellen Berufsberatung über verschiedene Aus- und Weiterbildungsmöglichkeiten bis hin zur Vergabe von Stipendien gibt es ein breites, alternatives Angebot. Die Jugendlichen können an andere Ausbildungszentren oder Arbeitgeber vermittelt werden und haben sogar die Möglichkeit finanzielle Unterstützung zu bekommen um sich mit einem eigenen Projekt selbstständig zu machen.
Die Mitarbeiter des Rehabilitation Center sind sehr gut ausgebildet, arbeiten problemorientiert und sehr professionell. Aus diesem Grund ist die Arbeit des YMCA in ganz Palästina sehr bekannt und geschätzt. Die Palästinensische Autonomiebehörde, als quasistaatliche Einrichtung, ist vielen Zuständigkeiten und Herausforderungen nicht gewachsen. Der YMCA versucht in möglichst vielen Bereichen diese Lücke zu füllen um gesellschaftlichen Bedürfnissen nachzukommen. Ziel ist es vor allem für Kinder und Jugendliche neue Perspektiven zu eröffnen und das Fundament für eine bessere Zukunft zu legen.